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微波具有熱效應(yīng)和非熱效應(yīng)雙重殺菌作用，加上紫微光波殺菌作用，從而達(dá)到殺菌的目的。微波熱效應(yīng)殺菌機(jī)理的簡述是：生物細(xì)胞是由水、蛋白質(zhì)、核酸、碳水化合物、脂肪和有機(jī)物等復(fù)雜化合物構(gòu)成的一種凝聚態(tài)介質(zhì)。該介質(zhì)在強(qiáng)微波場的作用下，溫度升高。其空間結(jié)構(gòu)發(fā)生變化或破壞，蛋白質(zhì)變性，影響其溶解度、粘度、膨脹性、穩(wěn)定性，從而失去生物活性。微波非熱效應(yīng)殺菌機(jī)理的簡述是：微波作用能改變生物性排列聚合狀態(tài)及其運(yùn)動規(guī)律，而且微波場感應(yīng)的離子流，會影響細(xì)胞膜附近的電荷分布，導(dǎo)致膜的屏障作用受到損傷，影響NA—K泵的功能。產(chǎn)生膜功能障礙，從而干擾或破壞細(xì)胞的正常新陳代謝功能，導(dǎo)致細(xì)菌生長抑制、停止或死亡。再則細(xì)胞中的核糖核酸（RAN）和脫氧核糖核酸（DAN）在微波場力作用下可導(dǎo)致氫鍵的松弛、斷裂或重組。誘導(dǎo)基因突變或染色體畸變，從而影響其生物活性的改變，延緩或中斷細(xì)胞的穩(wěn)定遺傳和增殖。紫微光波管輻射強(qiáng)度超過18uW/cm2(距燈管表面1米處)、臭氧濃度達(dá)到38mg/m3(30分鐘、動態(tài)平衡狀態(tài)下)。由于D波段紫外線輻射空氣而產(chǎn)生的單一臭氧完全區(qū)別于高壓放電所產(chǎn)生的臭氧（同時(shí)產(chǎn)生極其有害的氮氧化合物），所以能產(chǎn)生純正臭氧同時(shí)又有直接輻射殺菌的紫外線燈管正在訊速取代傳統(tǒng)臭氧發(fā)生器。
簡單地說微波殺菌是微波熱效應(yīng)和非熱效應(yīng)共同作用的結(jié)果。微波的熱效應(yīng)主要起快速升溫殺菌作用：而非熱效應(yīng)則使用微生物體內(nèi)蛋白質(zhì)和生理活性物質(zhì)發(fā)生變異，而喪失活力或死亡。因此，微波殺菌溫度低于常規(guī)方法，一般比較，常規(guī)方法殺菌溫度要在100-120度以上，時(shí)間要在十幾分鐘至幾十分鐘，而微波殺菌溫度僅在70至90度，時(shí)間約為幾分鐘（例如：豆制品細(xì)菌總數(shù)6-7萬左右，經(jīng)過微波殺菌以后細(xì)菌總數(shù)只有6千以下，大腸菌群小于30，時(shí)間十五分鐘左右達(dá)到食品殺菌的要求）。
通過微波殺菌處理的食品的保質(zhì)期可延長3~8倍，不破壞原有的營養(yǎng)成份、色澤、口感和天然風(fēng)味。與其它干燥、殺菌、解凍設(shè)備相比，可縮小占地面積、降低能耗30%~100%。而且不生產(chǎn)“三廢”污染。